W 1903 roku Poelzig, w porozumieniu z przedstawicielem cesarza, przedłożył kolejny projekt. Tym razem założył usunięcie trzech zachodnich empor, a lewa i prawa pozostałyby bez zmian. Od strony zachodniej kościoła powstałaby nowa kruchta (jest to obecne główne wejście do bazyliki) ze schodami prowadzącymi na empory. Pod wejściem zlokalizowano by kotłownię centralnego ogrzewania. Propozycja ta uzyskała w 1904 roku zgodę parafii, reprezentanta cesarza i konserwatora zabytków. Poelzig wykonał szkice oraz kosztorys mieszczący się w 130 000 marek.
15 lipca 1905 roku w godzinach wieczornych doszło do zawalenia się naw głównej i południowej. Ówczesne postępowanie nie wykazało jednoznacznej przyczyny katastrofy, ale przyczynić się do niej mógł zły stan filarów po stronie południowej kościoła. Później okazało się, że ceglana konstrukcja filarów wewnątrz wypełniona była gruzem. Wszczęto także postępowanie przed sądem, podczas którego oskarżono Poelziga o zaniedbania, a kierownika budowy o brak dostatecznego doświadczenia. Jednak ostatecznie opinia prof. Steinbrechta z Malborka uniewinniła obu, gdyż winnym okazał się zły stan filarów, których błędna konstrukcja sięgała XV wieku. Parafia doszła do porozumienia z monarchą, iż kościół należy odbudować, a nie wznosić nowy.