Hiszpanie skolonizowali wyspę, traktując ją przede wszystkim jako bazę dla dalszej ekspansji w Ameryce. Zajęli się uprawą manioku, jukki i w mniejszym stopniu trzciny cukrowej na plantacjach, na których do pracy w systemie reparto lub encomienda przymuszano miejscowych Indian. Wielu Tainów pojmano w niewolę, a wielu zmarło w wyniku chorób przywleczonych z Europy. W 1524 roku król Hiszpanii Karol I Hiszpański wydał Nowe Prawa dla Indii Zachodnich, które zabraniały niewoli Indian i przymuszania ich do pracy dla hiszpańskich plantatorów. Ze względu na brak rąk do pracy, Hiszpanie zaczęli sprowadzać na wyspę pierwszych niewolników z Afryki.
Pierwsza stała osada na wyspie – Sevilla la Nueva – została założona na jej północnym wybrzeżu przez hiszpańskiego oficera Juana de Esquivel (zm. 1523), który w 1510 roku został pierwszym gubernatorem Jamajki. W 1514 roku na stanowisku zastąpił go konkwistador Francisco de Garay (1475–1523). W 1534 roku stolicą została Villa de la Vega – współczesne Spanish Town. W 1556 roku rodzina Kolumbów przekazała wyspę koronie hiszpańskiej w zamian za dożywotnie zachowanie tytułu księcia Jamajki i roczną rentę.
Na początku XVII wieku, liczba mieszkańców wyspy wynosiła ok.