Tuż przed drugą wojną światową FFR, aby odnowić stosunki sportowe z rywalami z Wysp Brytyjskich zdecydowało o rezygnacji z rozgrywania mistrzostw. Jednak niezależnie od tej decyzji kilka miesięcy po jej podjęciu wybuchła II wojna światowa.
Przez kolejne trzy wojenne sezony odbywały się jedynie nieoficjalne rozgrywki. Podczas wojny rząd marionetkowej Francji Vichy nie tylko wznowił rozgrywki ligowe rugby union obejmujące zarówno strefę Vichy, jak i pozostałą, okupowaną część Francji, ale także stojąc w obronie sportu amatorskiego zakazał uprawiania rugby league, co zaowocowało napływem zawodników z tej odmiany do ligi rugby union. Po wojnie rozgrywki rugby league wznowiono, choć początkowo nie mogły one używać w nazwie słowa rugby. Natomiast w lidze rugby union, w której wiodącym klubem w latach 40. i 50. stał się FC Lourdes, zaczęły ponownie pojawiać się problemy z ukrywanym profesjonalizmem. International Rugby Board zażądało nawet zawieszenia rozgrywek ligowych, grożąc w innym wypadku wykluczeniem Francji na arenie międzynarodowej. FFR gotów był zgodzić się na to ustępstwo, jednak doszło do sprzeciwu klubów, które doprowadziły do zmiany władz w federacji.