Początkowa popularność modelu PowerBook 100 nie trwała jednak długo. Sprzedaż spadała do grudnia 1991, kiedy to większą popularnością cieszyły się modele 140 i 170, gdyż klienci byli skłonni zapłacić więcej za urządzenie z wbudowanym napędem dyskietek i drugim portem szeregowym, których brakowało w modelu PowerBook 100. 10 sierpnia 1992 modelu PowerBook 100 nie było już w cenniku Apple, lecz przedsiębiorstwo wyprzedawało jeszcze aktualne stany magazynowe poprzez własną sieć sprzedaży oraz sklepy detaliczne. W tego typu sklepach, komputer z 4 MB RAM i 40-megabajtowym dyskiem twardym kosztował niecały tysiąc USD, czyli o ponad 1500 USD mniej niż wynosiła pierwotna cena cennikowa modelu z 2 MB RAM i 20-megabajtowym dyskiem twardym.
17 września 1992 Apple wycofała ponad 60 tysięcy egzemplarzy notebooka z uwagi na możliwe problemy z jego bezpieczeństwem. Odkryto, że zwarcie w komputerze może doprowadzić do stopienia niewielkiego fragmentu obudowy, co zaobserwowano w trzech komputerach spośród 60 tysięcy wyprodukowanych pomiędzy październikiem 1990 a marcem 1991. W dniu, w którym ogłoszono wycofanie partii komputerów akcje Apple zanotowały spadek o 1,25 USD, osiągając cenę 47 USD, lecz część analityków nie upatruje w spadku notowań odzwierciedlenia awarii produktów.