Ostatecznie maszyna minęła mały strumień, a następnie rozbiła się o brzeg, rozpadła się i eksplodowała, stając w płomieniach. Niektóre szczątki znaleziono w odległości 1093 m.
Według śledczych badających przyczynę katastrofy załoga samolotu nie sprawdziła dwukrotnie check listy do końca według procedury i nie wysunęła klap. Dodatkowym czynnikiem była awaria przekaźnika sygnalizującego brak wysuniętych klap. Rozbicie o ziemię nastąpiło w ubocznym miejscu na tyle odległym, że opóźniło przybycie ratowników o 15 minut.
Jest to pierwsza katastrofa z ofiarami śmiertelnymi linii Spanair, zaś trzecia pod względem liczby ofiar w historii lotnictwa cywilnego w Hiszpanii (po katastrofie lotu Avianca 011 oraz katastrofie na Teneryfie), jedenasta w historii użytkowania samolotów typu McDonnell Douglas MD-80, i dwudziesta czwarta strata całego samolotu z serii MD-80.
W katastrofie lotniczej zginęły 154 osoby. 18 pasażerów zostało ciężko rannych. W związku z katastrofą swój urlop przerwał Premier Hiszpanii Jose Luis Rodriguez Zapatero. W Hiszpanii ogłoszono trzydniową żałobę narodową.