gdy jest to niezbędne do wykonania statutowych zadań Kościoła pod warunkiem, że przetwarzanie danych dotyczy wyłącznie jego członków (także byłych) lub instytucji albo osób utrzymujących z nim stałe kontakty w związku z ich działalnością i zapewnione są gwarancje ochrony przetwarzanych danych, albo wynika z innych zasad ustawy takich jak prawo do aktualizacji danych. Podobna wykładnia dla ochrony danych osobowych została podana przez GIODO w stosunku dla innych kościołów i związków wyznaniowych.
W 2011 roku w pierwszym w Polsce wyroku dotyczącym zaniedbań GIODO sąd stwierdził, że miały one miejsce w przypadku Roberta Biniasa, któremu GIODO odmówił zajęcia się sprawą usunięcia danych z ksiąg parafialnych.
Krytyce podlega również wymóg pełnoletności odstępcy. Podyktowane to jest faktem, iż osoba do momentu ukończenia 18 lat uznawana jest za niezdolną do świadomego odstąpienia od Kościoła, pomimo że została ona do niego przyjęta przez chrzest zazwyczaj jako niemogące posiadać własnego zdania w tej sprawie niemowlę.