W 1960 Kawalerowicz ukończył prace nad Matką Joanną od Aniołów, adaptacją opowiadania Jarosława Iwaszkiewicza pod tym samym tytułem. Bohaterem filmu jest ksiądz jezuita Suryn (Mieczysław Voit), który przybywa do żeńskiego klasztoru, dowiedziawszy się o opętaniu mniszek przez demony. Główną oś filmu stanowi pojedynek psychologiczny Suryna z przełożoną klasztoru, matką Joanną (Winnicka). Ascetyczna realizacja Matki Joanny od Aniołów, przywodząca Rekowi na myśl filmy Carla Theodora Dreyera, zapewniła temu dziełu sukces artystyczny. Oprócz Złotej Kaczki w Polsce Kawalerowicz otrzymał również Nagrodę Jury na 14. MFF w Cannes.
Kino lat 60. i 70. (1966–1977) mały|Jerzy Kawalerowicz (1969) Po Matce Joannie od Aniołów Kawalerowicz zbierał fundusze na reżyserię adaptacji powieści Bolesława Prusa Faraon. Filmowy Faraon, ukończony w 1966, miał na celu ukazanie ponadczasowego dylematu władzy, polegającego na wyborze między szlachetnością a skutecznością w sprawowaniu rządów. Konflikt pomiędzy młodym, idealistycznym faraonem Ramzesem XIII (Jerzy Zelnik) a kapłanem Herhorem (Piotr Pawłowski) był w świetle wydarzeń z połowy lat 60. XX wieku przyrównywany do starć pomiędzy Kościołem a państwem komunistycznym.