Instrukcje były ładowane do maszyny za pomocą taśmy dziurkowanej.
Pierwsze programy Pierwszym użytecznym programem uruchomionym na Mark I był algorytm poszukiwania liczb pierwszych Mersenne’a, na początku kwietnia 1949, który działał bezbłędnie przez dziewięć godzin w nocy z 16 na 17 czerwca 1949. Algorytm został wyspecyfikowany przez Maksa Newmanna, naczelnika departamentu matematyki na uniwersytecie w Manchesterze, a został napisany przez Kilburna i Tootilla. Turing później napisał zoptymalizowaną wersję tego programu, nazywaną „Mersenne Express”.
Manchester Mark I kontynuował wykonywanie użytecznych matematycznych obliczeń aż do 1950, w tym do badania hipotezy Riemanna i obliczeń w zakresie optyki.
Dalszy rozwój Geoff Tootil został tymczasowo przeniesiony z uniwersytetu w Manchesterze do Ferranti w sierpniu 1949, aby kontynuować pracę nad projektem Ferranti Mark 1 i spędził cztery miesiące pracując dla tej firmy. Manchester Mark I został rozebrany i złomowany pod koniec 1950, a kilka miesięcy później zastąpiony przez pierwszy Ferranti Mark 1. Był to pierwszy dostępny na rynku komercyjnym komputer ogólnego użytku.