We wrześniu wygrała swój drugi tytuł mistrzowski podczas Pucharu Świata w Dausze, tym razem w ćwiczeniach wolnych. Zajęła również 5. miejsce na poręczach i 6. na równoważni. Pihan wzięła udział w Mistrzostwach Świata w Londynie, jednak duża ilość błędów podczas kwalifikacji nie pozwoliła jej na awans do żadnego finału. Marta zakończyła zawody na 39. miejscu w wieloboju, 13. na poręczach, 68. na równoważni i 36. w ćwiczeniach wolnych.
W listopadzie Marta wygrała srebrny medal na poręczach na Pucharze Świata w Stuttgarcie i zajęła 5. miejsce w ćwiczeniach wolnych.
2010 Marta rozpoczęła 2010 rok na Pucharze Świata w Chociebużu, gdzie zdobyła złoty medal, dzieląc tytuł mistrzyni ćwiczeń wolnych z Kanadyjką Kristiną Vaculik. Kilka tygodni później zajęła 5. miejsce na poręczach i w ćwiczeniach wolnych oraz 6. na równoważni na Pucharze Świata w Dausze.
Pod koniec kwietnia kadra Polski zajęła 10. miejsce w kwalifikacjach drużynowych na Mistrzostwach Europy w Birmingham. Indywidualnie Pihan zajęła 25. miejsce na poręczach, 24. na równoważni oraz 19. w ćwiczeniach wolnych.