Obawiano się, że prywatna organizacja zacznie wymuszać na państwach pewne rozwiązania legislacyjne.
W związku z tymi wątpliwościami pierwsze lata istnienia WADA poświęcono na usankcjonowanie działania agencji i wzmocnienie jej pozycji na arenie międzynarodowej. Chociaż początkowo była finansowana przez MKOL, obecnie jedynie połowę swojego budżetu czerpie z tego źródła, podczas gdy pozostała część pochodzi ze światowych organizacji rządowych. Bardzo ważne w tym kontekście było uznanie kompetencji WADA przez Komitet Ministrów Rady Europy w 2002 roku. 5 marca 2003 roku w Kopenhadze z inicjatywy agencji na Światowej Konferencji Antydopingowej przyjęto Światowy Kodeks Antydopingowy.
Przyjęcie tego kodeksu przez komitety olimpijskie państw było warunkiem dopuszczenia ich do igrzysk olimpijskich w Atenach. Po raz pierwszy w historii ujednolicono politykę antydopingową wszystkich krajów we wszystkich dziedzinach sportowych.
Polska miała czas na przyjęcie kodeksu do igrzysk olimpijskich w Turynie (luty 2006). Jako że adresatem kodeksu nie mogą być rządy, wprowadzany on jest za pośrednictwem międzynarodowych federacji sportowych, które nakładają stosowne obowiązki na krajowe związki sportowe.