Szwajcar startował także w zawodach Pucharu Świata w kolarstwie górskim, wielokrotnie stając na podium i odnosząc osiemnaście zwycięstw. Najlepsze wyniki osiągał w sezonach 1992, 1993 i 1995, w których był najlepszy w klasyfikacji końcowej. Ponadto w sezonie 1996 zajął drugie miejsce za Francuzem Dupoueyem.
Pod koniec 2008 roku zakończył dwudziestoletnią karierę profesjonalnego zawodnika. Łącznie w swojej karierze odniósł ponad 200 zwycięstw. Od sezonu 2009 jest team managerem swojej własnej grupy – Scott Swisspower MTB Team, w której ścigał się od 2001 roku, w latach 1990–2001 reprezentował Ritchey Team. Na mistrzostwach świata MTB w Val di Sole w 2008 roku prezydent UCI uhonorował go nagrodą za osiągnięcia w kolarstwieThomas Frischknecht honoured at MTB World’s ..
Jest żonaty i ma trójkę dzieci (Andri, Carmen, Gina). Jego ojciec, Peter również był kolarzem.
Ważniejsze osiągnięcia Mistrz świata MTB Maraton 2003 i 2005 30px|Kolory Mistrza Świata w kolarstwie Mistrz świata MTB cross-country 1996 30px|Kolory Mistrza Świata w kolarstwie Mistrz świata w kol.