Z drugiej strony, ze względu na niedoskonałość bibliotek EST używanych do projektowania mikromacierzy, niektóre warianty mRNA dla danego genu mogą pozostać niewykryte.
Wiele metod analizy mikromacierzy dostępnych jest w oprogramowaniu open source. Jednym z najpopularniejszych pakietów jest BioConductor, napisany dla języka R.
Aby polepszyć porównywalność eksperymentów, postuluje się opisywanie eksperymentów na mikromacierzach za pomocą standardu MIAME oraz umieszczanie ich w powszechnie dostępnych repozytoriach.
Konstruowanie eksperymentu z użyciem mikromacierzy Ze względu na wysokie koszty liczba mikromacierzy w doświadczeniu jest zwykle niewielka – wiele doświadczeń odbywa się z użyciem kilku–kilkudziesięciu mikromacierzy. Wymusza to bardzo dokładne planowanie doświadczenia. Każdą mikromacierz hybrydyzuje z tym samym RNA/cDNA (repliki) lub z inną próbką, w celu porównań. Repliki stosuje się aby zwiększyć wiarygodność analizy statystycznej.
Zobacz też mikromacierz białkowa
Przykłady zastosowań Znajdowanie genów reagujących zmianą ekspresji na zmiany: w środowisku (np. podanie leku) w genotypie (np. obecność transgenu)
Znajdowanie genów, których ekspresja różni się między tkankami podczas rozwoju w tkance chorej i zdrowej między gatunkami.
Przypisy
Linki zewnętrzne Otwarte repozytoria danych z mikromacierzy: ArrayExpress GEO
Kategoria:Genetyka Kategoria:Biotechnologia