Badania archeologiczne wskazują, że pierwsi osadnicy na terenie Wasilkowa pojawili się już w mezolicie. Pierwsze osadnictwo występowało tu w XIII-XIV wieku. Po 1509 r. obszar na zachód od rzeki Sokołdki był kolonizowany przez Mikołaja Radziwiłła, który zbudował sobie dwór nad tą rzeczką. Od 1512 r. na zachód od niej rozciągała się posiadłość Samuela Lenca Samotyi (dziś Leńce). Niedługo potem miejsce u ujścia Sokołdki, w którym wcześniej znajdowały się stajnie królewskie, Radziwiłł oddał wójtowi dobrzyniewskiemu Łukaszowi Kurzenieckiemu, który w 1536 r., wyrąbał tam las pod pole „pod ostupom Vasilkovom”. Miasto zostało założone na polecenie Zygmunta Augusta w 1566 roku, a 8 grudnia 1566 otrzymało prawa miejskie. Starostą był Hiob Bretfus, nadworny architekt króla Zygmunta I Starego. Od tej pory mieszkańcy mieli sądzić się i rządzić według prawa magdeburskiego. Miasto otrzymało też herb, którym mogło pieczętować dokumenty oraz prawo pobierania ceł i myt. Miasto powstało w miejscu wcześniej niezamieszkanym, a zasiedlili je ludzie z Goniądza, Tykocina i Białegostoku. Dwa dni później utworzono parafię. W 1566 w Wasilkowie wzniesiono drewnianą cerkiewStrona parafii – Historia., a w 1567 roku zbudowano tu pierwszy kościół (również drewniany).