W pracy zawodowej był od 1934 dyrektorem biura Związku Ziem Górskich (Towarzystwa Przyjaciół Huculszczyzny), następnie dyrektorem Biura Planowania Gospodarczego i Kulturalnego Karpat Wschodnich przy Prezesie Rady Ministrów. W maju 1939 władze ZHP powołały go na stanowisko zastępcy komisarza Pogotowia Młodzieży w Warszawie na wypadek wojny, Kowalski wykonywał te obowiązki podczas oblężenia Warszawy we wrześniu 1939.
Podczas okupacji działał w PPS. Był członkiem Komitetu Powiatowego PPS w Puławach, organizował koła partii oraz koordynował sabotaż gospodarczy w Rykach, Irenach, Ułężu, Kłoczewie i Trojanowie. W pracy konspiracyjnej używał pseudonimu Roman. W czerwcu 1944 został aresztowany przez gestapo i uwięziony w Puławach, po miesiącu odzyskał wolność. Został mianowany starostą w Garwolinie (p.o. starosty powiatowego) przez PKWN, w 1944 na terenie powiatu garwolińskiego uruchamiał instytucje państwowe i samorządowe, zabezpieczał mienie publiczne, koordynował działalność milicji. Od 1945 był członkiem Rady Naczelnej PPS.