W sezonie 1987/88 SS Virtus prowadzony przez Bruno Sammaritaniego wygrał rozgrywki Serie A2, co dało mu udział w play-off o mistrzostwo kraju. Dotarł w nich do finału, w którym uległ SP Tre Fiori po serii rzutów karnych. W sezonie 1988/89 zespół osiągnął największy sukces w historii, pokonując 4:3 SP Tre Fiori w meczu o Superpuchar San Marino (Trofeo Federale). W latach 1990–1994 Virtus dwukrotnie spadał i awansował do Campionato Sammarinese. W sezonie 1993/94 Damiano Vannucci został z 11 golami królem strzelców Serie A2. W 1996 roku nastąpiła reorganizacja rozgrywek ligowych, likwidująca Serie A2 i włączająca wszystkie sanmaryńskie zespoły w szeregi dwóch grup Campionato Sammarinese. Virtus w sezonach 1996/97, 1997/98, 2000/01 i 2008/09 zwyciężył swoją grupę; ponadto w sezonie 1997/98 Davide Vannucci zdobył tytuł króla strzelców ligi (21 bramek). W sezonie 1999/00 klub osiągnął najlepszy rezultat w fazie play-off, docierając do tzw. finału eliminującego, przegranego 0:1 z FC Domagnano. W 1997 i 2011 roku zespół dotarł do finału Pucharu San Marino, ulegając odpowiednio: 0:2 SS Murata oraz 1:4 AC Juvenes/Dogana.