W grudniu 1823 r. generał Olañeta, namiestnik Górnego Peru odmówił posłuszeństwa wicekrólowi Jose de La Serna. Bunt w Górnym Peru uniemożliwił rojalistom podjęcie natychmiastowej ofensywy przeciwko patriotom dowodzonym przez Bolívara. Do końca maja 1824 r. Bolívar zdołał odtworzyć armię i zaplanować działania ofensywne przeciwko rojalistycznym siłom generała Jose de Canteraca w dolinie Jauja. Dalszym celem patriotów miała być stolica sił wiernych Hiszpanii – Cuzco. Punkt zborny sił patriotycznych znajdował się w Cerro del Pasco, gdzie patrioci skoncentrowali się na początku sierpnia.
Jednocześnie wicekról de La Serna zaplanował ofensywę Armii Północnej de Canteraca przeciwko pozostałościom wojsk republikańskich. Otrzymawszy wiadomość o reorganizacji armii Bolívara zgrupowania de Canteraca 5 sierpnia 1824 r. uderzyło na Cerro del Pasco z zamiarem zaskoczenia patriotów, jednakże Bolívar nie wiedząc o marszu rojalistów opuścił wcześniej tę miejscowość i wyruszył zachodnim brzegiem jeziora Junin w kierunku baz rojalistów w dolinie Jauja.
Obydwaj dowódcy uzyskali 5 sierpnia informacje o położeniu wojsk nieprzyjaciela. De Canterac zarządził pościg za siłami Bolívara, a patrioci 6 sierpnia zmienili kierunek marszu na wschodni, zdecydowani odciąć rojalistów od doliny Jauja.