W sezonie 1974/75 zwyciężył w lidze i awansował do II ligi jugosłowiańskiej. Debiut był nieudanym i po roku klub wrócił do ligi macedońskiej. W sezonie 1981/82 ponownie wygrał ligę i od 1982 występował w drugiej lidze jugosłowiańskiej. Sezon 1990/91 zakończył na 6.pozycji w tabeli, ale tak jak z rozgrywek wycofały się kluby z Chorwacji i Słowenii, to klub zakwalifikował się do czwórki drużyn, które otrzymali promocję do pierwszej ligi jugosłowiańskiej. Na najwyższym poziomie uzyskał końcową 15.lokatę w sezonie 1991/92.
Po uzyskaniu niepodległości przez Macedonię Północną w 1992 startował w pierwszej lidze. Największym osiągnięciem do dziś jest wygranie Pucharu Macedonii w 2001 roku, które dało przepustkę do gry w Pucharze UEFA. Od czasu powstania Ligi Macedońskiej Pelister grał w niej w każdym sezonie aż do roku 2003, kiedy to drużyna została zdegradowana z powodu kłopotów finansowych. Po kilku latach do klubu wrócili Mitko Stojkowski i Toni Micewski. To oni postawili klub na nogi i w 2005 roku po zdeklasowaniu rywali na drugoligowych boiskach zespół wrócił na pierwszoligowe boiska. Już jako beniaminek Pelister zajął 6. miejsce w lidze i dotarł do półfinału Pucharu Macedonii. Klub ten słynny jest z wychowywania przyszłych reprezentantów kraju oraz zawodników dobrych europejskich klubów.