W 1940 na terenie miejscowości władze niemieckie utworzyły getto dla ludności żydowskiej. 20 sierpnia 1942 jego mieszkańcy zostali pognani pieszo na stację kolejową w Falenicy, a następnie wywiezieni do obozu zagłady w Treblince. Ostatnich żydowskich mieszkańców Rembertowa z tzw. getta szczątkowego wymordowano wiosną lub latem 1943. Te wydarzenia upamiętniają trzy tablice pamiątkowe Tchorka (przy ul. Markietanki róg Cyrulików w Rembertowie, ul. Okuniewskiej w Wesołej oraz Michała Kajki róg VIII Poprzecznej w Wawrze).
Na terenie Rembertowa Niemcy utworzyli także cztery obozy pracy dla Polaków, obywateli polskich pochodzenia żydowskiego i jeńców radzieckich.
Na przełomie 1944 i 1945 NKWD przystosowało dawny niemiecki obóz pracy znajdujący się na terenie zakładu „Pocisk” i urządziło w nim obóz dla żołnierzy AK i NSZ.
Po 1945 W 1945 roku Rembertów miał ok. 13,5 tys. mieszkańców. W czasach PRL znajdowała się tam baza Armii Radzieckiej, osłaniająca tranzyt wojskowy do NRD.
W lesie przy ul. Marsa mieściła się Jednostka Łączności (Rządowej) Armii Czerwonej – ostatnia wycofana jednostka rosyjska (17 września 1993).