Firma North American Aviation sugerowała użycie w atmosferze modułu dowodzenia CM mieszanki tlenowo-azotowej takiej, jaka jest na powierzchni Ziemi. NASA protestowała przeciw takiemu składowi mieszanki oddechowej, powołując się na zwiększone ryzyko wystąpienia choroby dekompresyjnej powodującej utratę przytomności, a nawet śmierć w przypadku losowej dekompresji. Urzędnicy NASA zapewniali, że atmosferę czystego tlenu stosowano bez wypadków w programach Mercury i Gemini (niedokładnie tak było: pożar i jednocześnie niemożność szybkiego otwarcia włazu były znanymi problemami) i dowodzili, iż czysty tlen z powodzeniem można zastosować w statku kosmicznym Apollo. Ważnym argumentem był też fakt, iż użycie czystego tlenu zmniejszało wagę modułu dowodzenia.

CM 012 dostarczono do NASA wraz ze 113 niezrealizowanymi, a uprzednio zaplanowanymi, ważnymi zmianami technicznymi. Dalsze 623 zmiany techniczne wprowadzono już po dostarczeniu modułuReport of Apollo 204 Review Board . Załoga wyraziła poważne zaniepokojenie dotyczące zagrożenia pożarem. W dokumentalnym filmie BBC „NASA: Triumf i tragedia” James McDivitt powiedział, że NASA nie orientowała się, jak 100% tlenowa atmosfera modułu wpłynie na spalanie.