Wycofanie 5 lipca 1945 międzynarodowego uznania dla Rządu RP na uchodźstwie przez Wielką Brytanię i USA (a następnie większość krajów powstającej ONZ) i uznanie Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej w Warszawie, a następnie zaakceptowanie przez mocarstwa wyników sfałszowanych wyborów ze stycznia 1947, zmusiło zarówno twórców Instytutu, jak i jego zarząd do prowadzenia stałej i niezależnej placówki naukowo-badawczej. Instytut miał zajmować się już nie tylko bieżącym gromadzeniem i porządkowaniem dokumentacji historycznej dla odtworzenia placówki w Polsce, ale jednocześnie popularyzowaniem niezafałszowanej wiedzy o Polsce i jej historii najnowszej.
Zadanie było naprawdę ambitne, zwłaszcza że ta garstka ludzi o zdecydowanie ideowym obliczu, znajdującym już swój wyraz w samej nazwie Instytutu, nie mogła liczyć na pomoc emigracyjnego rządu polskiego w Londynie. Tak więc od pierwszych dni działalność opierała się wyłącznie na wsparciu finansowym jakiego udzielali mu działacze polonijni, oraz na składkach członkowskich, a także na datkach niektórych członków. Od końca lat czterdziestych, kiedy zaniknęła działalność KNAPP, działania i wypowiedzi ludzi związanych z Instytutem były postrzegane jako wskazówki dla środowisk niepodległościowych.