w drugiej legii, dowodzonej wówczas osobiście przez Dąbrowskiego, pozostało tylko 800 żołnierzy zdolnych do walki. W 1799 powstał nad Renem, dowodzony przez gen. Kniaziewicza, legion zwany naddunajskim, a w 1800 Dąbrowski odbudował 6-tysięczny legion pod nazwą Pierwsza Polska Legia.
W tym czasie Francuzi odnosili kolejne zwycięstwa nad wojskami koalicji na wielu frontach, m.in.: pod Zurychem (Szwajcaria), Castricum (Holandia) w 1799 oraz pod Marengo (Włochy) i Hohenlinden (Bawaria) w 1800. Rosja poróżniona z Austrią i Wielką Brytanią wycofała się z koalicji antyfrancuskiej, a Austria zawarła pokój z Francją w Lunéville w 1801, jednak skończona wojna nie przyniosła pozytywnego rozwiązania kwestii polskiej. To powodowało rozprzężenie w Legionach, zwątpienie, dochodziło do otwartej krytyki polityki FrancjiPachoński: Generał Jan Henryk Dąbrowski, s. 289.. Oficerowie podawali się do dymisji. Niewygodne Napoleonowi legie zostały wysłane na wyspę Santo Domingo (obecnie Haiti) do tłumienia antyfrancuskiego powstania niewolników afroamerykańskich. Do Europy powróciło zaledwie kilkuset legionistów, którzy nie zostali zabici przez tubylców, nie zmarli wskutek chorób tropikalnych i nie osiedlili się w AmerycePachoński: Generał Jan Henryk Dąbrowski, s. 289–290..