W większości pokrywał się on z terytorium diecezji pomezańskiej.
Do ścisłych Prus Górnych w czasach krzyżackich zaliczano terytoria komturii: elbląskiej, dzierzgońskiej, ostródzkiej oraz prokuratorstwa szczycieńskiego (fragment Wielkiej Puszczy, który podlegał zarządowi komturów elbląskich, a później ostródzkich), wójtostwa bratiańskiego i wschodniej (lubawskiej) części domeny biskupów chełmińskichSławomir Jóźwiak Powstanie i rozwój struktury administracyjno-terytorialnej Zakonu Krzyżackiego na południowych obszarach Prus Górnych do 1410 r., Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 1, 3-27 (2000), s. 3–4. thumb|Państwo zakonu krzyżackiego z podziałem na komturie i posiadłości biskupie (kolor różowy).|lewo
Po inkorporacji Prus do Polski w 1454 roku Prusy Górne znalazły się w utworzonym przez króla Kazimierza Jagiellończyka województwie elbląskim. Przez okres wojny trzynastoletniej większość miast górnopruskich przechodziła z rąk do rąk.