Choć cały aparat został utworzony praktycznie od zera, to kadra urzędnicza pochodziła w większości z okresu sowieckiego, dlatego wykazywała wszystkie ówczesne negatywne cechy, takie jak zbytni formalizm i przewlekłość prowadzenia spraw, aż po korupcję i alkoholizm.
Ważną rolę odgrywał ponadto system prawny, od sądów pokoju przy zarządach gminnych, poprzez sądy rejonowe, obsadzane przez burmistrzów, po sąd okręgowy, stanowiący instancję kasacyjną. Procesy odbywały się w sposób otwarty. Przestępstwami o charakterze politycznym, noszącym piętno zdrady państwa, zajmowało się kolegium wojskowe. Po przeprowadzeniu śledztwa jego członkowie przekazywali daną sprawę polowemu sądowi wojskowemu. Trafiali przed niego schwytani partyzanci, przedstawiciele miejscowej ludności wspierający partyzantkę oraz dezerterzy z oddziałów wojskowych podległych władzom okręgu. Partyzanci otrzymywali zazwyczaj karę śmierci, cywile – od trzech do dziesięciu lat więzienia, zaś dezerterzy – trzy lata z konfiskatą własności. 20 kwietnia 1943, czyli w dzień urodzin Adolfa Hitlera, Bronisław Kaminski ogłosił amnestię dla części więźniów.