thumb|Synagoga w Tartu na starej pocztówce z początku XX wieku thumb|upright=1.2|Czarne dni w historii estońskich Żydów – kraj sklasyfikowany zostaje jako teren Judenfrei na mapie raportującej ilość egzekucji przeprowadzonych przez Einsatzgruppe A Historia Żydów w Estonii sięga XIV wieku, gdy w Tallinnie (ówczesny Rewel) osiedlili się pierwsi przedstawiciele tego narodu. Źródła podają imię lekarza Johannesa, przybyłego tu w 1333 roku z terenu Niemiec.
Wiadomo, że kilkudziesięciu Żydów zamieszkiwało na początku XVIII wieku w Dorpacie. Pewna liczba Żydów-rzemieślników żyła także w Rewelu. Wszyscy oni musieli opuścić te tereny, gdy cesarzowa Elżbieta Romanowa wydała w 1742 ukaz o wygnaniu Żydów z Imperium.
Intensywne osadnictwo żydowskie datuje jednak dopiero od 1865, gdy Aleksander II wydał ukaz umożliwiający Żydom swobodne osiedlanie się w regionie. Byli to głównie Żydzi służący w armii rosyjskiej i ich potomkowie, kupcy, rzemieślnicy i przedstawiciele inteligencji.
Pierwsza gmina żydowska powstała w 1830 roku w Tallinnie, kolejną założono w Tartu w 1866 roku. W tych miastach społeczność żydowska wzniosła również najokazalsze synagogi: w Tallinnie w 1883 roku, a w Tartu – w 1901.