mały|Zakończenie roku akademickiego 2011 Po 2000 roku uczelnia przeżywała kryzys swej działalności, zmniejszała się liczba studentów, w zborach wzrastały krytyczne oceny wobec duchowości absolwentów. W związku z tym 23 lutego 2005 roku Naczelna Rada Kościoła Zielonoświątkowego podjęła decyzję o odwołaniu dotychczasowego rektora Włodzimierza Rudnickiego i powołaniu Piotra Nowaka. Wprowadzono też kadencyjność urzędu rektora. Innym powodem ingerencji ze strony NRK była chęć odzyskania wpływu na uniezależniającą się uczelnię, wpływ na sposób kształcenia kadr.
W latach 2007–2011 systematycznie spadał procentowy udział mężczyzn w gronie studentów WSTS. Na studia podyplomowe z coachingu i mentoringu w 2014 roku zgłosiły się wyłącznie kobiety. Średnio w latach 2007-2014 kobiety stanowiły 44% liczby studentów. Kobiety częściej kontynuują studia. W latach 2007–2014 tylko 9% z nich zrezygnowało, podczas gdy w grupie mężczyzn było ich aż 22%.