W 1824 po procesie filomatów i filaretów podał się do dymisji.
W latach 1804–1806 pełnił funkcję ministra spraw zagranicznych w rządzie Rosji. Był zwolennikiem rozwoju zjednoczonej Polski pod berłem rosyjskim (tzw. plan puławski). Stanowiło to część większego planu Ligi Europejskiej, projektu bardziej przypominającego Ligę Narodów niż założone w 1815 r. Święte PrzymierzeRola Rosji w Europie w koncepcjach Adama Jerzego Czartoryskiego (1801–1830), Natura stosunków międzynarodowych w poglądach księcia Adama Jerzego Czartoryskiego, Adam Jerzy Czartoryski – prekursor zjednoczonej Europy.. Czartoryski był też członkiem rosyjskiego Senatu i Rady Państwa.
Orientacji prorosyjskiej pozostał wierny także w okresie Księstwa Warszawskiego. Po ataku francuskim na Rosję w 1812 wziął dymisję ze stanowisk państwowych i wyjechał za granicę. Jego osoba była brana pod uwagę w trakcie rozpatrywania kwestii polskiej. Proponowano uczynienie księcia Adama wicekrólem odbudowanego państwa polskiego. Po klęsce Napoleona w Rosji, ministrowie Księstwa Warszawskiego zwrócili się do Czartoryskiego z propozycją przyłączenia księstwa do Rosji, z zachowaniem Konstytucji 3 maja lub odmienionej konstytucji księstwa.