20 maja 1949 ks. Poniatowski został skazany przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Białymstoku (rozprawie przewodniczył major Aleksander Filis, ławnikami byli starszy strzelec Antoni Tablica i strzelec Stefan Bidziński) na 5 lat więzienia, utratę praw publicznych na 3 lata i konfiskatę całego majątku za udzielenie pomocy członkom NZW – Bronisławowi i Henrykowi Karwowskim.
Po śmierci Stalina, 17 maja 1953 zastosowano wobec księdza amnestię i zmniejszono mu wyrok o jedną trzecią – do 3 lat i 4 miesięcy. Niezwłocznie też wypuszczono go na wolność. Wówczas biskup łomżyński chciał mianować ks. Poniatowskiego wikariuszem w Lipsku, ale nie uzyskał zgody Wojewódzkiej Rady Narodowej w Białymstoku. 20 września ks. Poniatowski został mianowany wikariuszem w Wąsoszu, a dwa lata później proboszczem w Przerośli. Przez cały ten i późniejszy okres ksiądz chorował na poważny niedowład nóg – był to skutek pobytu w więzieniu. Nigdy już nie odzyskał pełni sił.
W 1974 przeszedł na emeryturę i zamieszkał w Tykocinie, gdzie zmarł. Został pochowany na cmentarzu w Przerośli.
Zobacz też Antykatolicyzm