W październiku 2004 roku muzułmanie zaatakowali grupę Świadków Jehowy, obrzucając ich kamieniami. W Kirgistanie działało wówczas 7 zborów kirgiskojęzycznych i ponad 30 rosyjskojęzycznych. W stolicy powstało Biuro Oddziału, do którego przeniesiono się z kazachskiego Biura Oddziału, a także zespół tłumaczący publikacje Świadków Jehowy z rosyjskiego. Miejscowe Biuro Oddziału nadzoruje tłumaczenie literatury biblijnej na język kirgiski.
Pomimo że wielu Świadków Jehowy wyjechało z Kirgistanu, to w roku 2005 liczba głosicieli przekroczyła 4000 osób w 39 zborach.
W sierpniu 2006 roku 72 delegatów brało udział w kongresie międzynarodowym pod hasłem „Wyzwolenie jest blisko!” w Chorzowie. Telewizja kirgiska zachęcała do nietolerancji religijnej i ataków na wolność religijną – kierowane głównie w odniesieniu do protestantów i Świadków Jehowy.
W 2007 roku zanotowano liczbę 4287 głosicieli. W 2008 roku wydano Chrześcijańskie Pisma Greckie w Przekładzie Nowego Świata (Nowy Testament) w języku kirgiskim.
W 2009 roku w Kirgistanie uchwalono ustawę przyznającą prawo do pełnienia służby zastępczej, która jak się jednak okazało odbywała się pod kontrolą wojskową.