Próby porozumienia we Wrocławiu nie powiodły się i doszło do wojny domowej, jednak aby uzyskać neutralność Czech i w ten sposób utrzymać władzę Władysław Herman zgodził się odnowić płacenie trybutu ze Śląska i uznać czeską aneksję Ziemi kłodzkiej, która następnie została oddana w lenno, będącego jeszcze dzieckiem, Bolesława Krzywoustego. Władysława Hermana poparł król węgierski Władysław I, ale w obozie pod Wrocławiem doszło do konfliktu pomiędzy nim i Władysławem Hermanem, co doprowadziło porwania przez Węgrów palatyna Sieciecha i małego księcia Bolesława Krzywoustego. Sytuację Władysława Hermana skomplikowało odmówienie przez jego wojsko bratobójczej walki z wojskami Zbigniewa. W tej sytuacji Władysław Herman musiał w 1093 roku we Wrocławiu uznać prawa swojego najstarszego syna i przyznał mu w zarząd Śląsk.
W 1094 roku wojska Władysława Hermana zdobyły na Pomorzanach gród w Międzyrzeczu. W 1096 Czesi zdobyli polski gród Bardo na Śląsku i po zburzeniu zbudowali nowy gród Kamieniec.