W 1957 nastąpiło oficjalne otworzenie portu morskiego w Ejlacie.
23 maja 1967 Egipt ponownie zablokował Cieśniny Tirańskie dla „wszystkich statków płynących pod flagą Izraela albo wiozących strategiczne towary” dla Izraela. W odpowiedzi izraelska armia rozpoczęła wojnę sześciodniową, w której Izraelczycy zajęli cały Półwysep Synaj. Zwycięstwo to skutecznie odblokowało Zatokę Akaba i otworzyło Port Ejlat. Zapoczątkowany w następnych latach proces pokojowy doprowadził do zawarcia traktatów pokojowych Izraela z Egiptem i Jordanią, co otworzyło drogę do normalnego funkcjonowania Portu Ejlat.
17 lutego 2005 rząd po przeprowadzeniu reformy strukturalnej izraelskiego przemysłu portowego, utworzył niezależne przedsiębiorstwo Eilat Port Company Ltd.
Nawigacja Przed wejściem do portu znajduje się kotwicowisko dla 12 statków. Miejsce to ma szerokość 0,5 mili morskiej i głębokość do 130 m. Jest ono zakryte przed południowymi wiatrami i daje względnie bezpieczne schronienie podczas sztormów. Obszar kotwicowiska jest ograniczony czterema bojami, które oznaczają granice kąpieliska. Przy wchodzeniu do portu obowiązuje korzystanie z pomocy pilota. Na południe od portu znajduje się latarnia morska Ejlat.