Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 przebywał na Nowolipiu. W listopadzie 1939 opuścił miasto i przedostał się do Białegostoku. Wojnę spędził w Związku Radzieckim. Pracował przy budowie szosy Lwów-Kijów, a potem trafił do Samarkandy w Uzbekistanie. Mimo dobrej kondycji fizycznej, nie został przyjęty do Armii AndersaPod koniec lat 50. Hen opisał to doświadczenie w autobiograficznej powieści Nikt nie woła, wydanej po raz pierwszy w 1990.. W 1944 wstąpił do Ludowego Wojska Polskiego i wtedy publikował pierwszy wiersz (Łódź wierna) w piśmie „Głos Żołnierza”. W czasie wojny stracił ojca, zabitego w 1945 w Buchenwaldzie, brata Mojżesza (ur. 1920), który zaginął w ZSRR i siostrę Mirkę (1917–1942)Donata Subbotko, wywiad z Józefem Henem Lekkie swędzenie sumienia w: Duży Format 2009-11-06.. Wojnę przeżyły matka i siostra Stella (ur. 1915) i w 1957 wyjechały do Tel Awiwu.
W 1944 przyjął pseudonim literacki „Hen”, który z czasem zaczął mu służyć za nazwisko. Zaraz po wojnie, był redaktorem tygodnika „Żołnierz Polski”. W 1947 razem z redakcją tygodnika wrócił do Warszawy. Służbę wojskową zakończył w stopniu kapitana w 1952.
Twórczość