Pastorem został teolog Johannes Knipstro, a Johannes Aepinus w 1525 założył przykościelną szkołę.
Obecnie kościół należy do parafii Stralsund wchodzącej w skład Kościoła Północnych Niemiec (Nordkirche).
Architektura Położony przy południowej pierzei Rynku Starego Miasta kościół Św. Mikołaja wraz z ratuszem jest jedną z wizytówek Stralsundu i tworzy zespół architektoniczny, który obrazuje dawną świetność miasta, a także supremację mieszczaństwa w średniowiecznych miastach hanzeatyckich. Bliskie usytuowanie ratusza i fary obok miejskiego rynku jest nawiązaniem do lubeckiego pierwowzoru, zaś architektura tamtejszego kościoła Mariackiego znalazła wierne odbicie w formie stralsundzkiego kościoła. Oba kościoły o mają zbliżony układ przestrzenny; trójnawowa bazylika beztranseptowa z poligonalnie zamkniętym prezbiterium z wieńcem kaplic przy ambicie (który jest węższy od naw bocznych), przestrzenne zintegrowanie korpusu nawowego i prezbiterium, ponadto forma masywu wieżowego z wąską częścią środkową flankowaną masywnymi wieżami z charakterystycznym podziałem na kondygnacje.