W Auxerre, podobnie jak w poprzednich klubach, miał pewne miejsce w składzie na środku obrony i przez dwa lata rozegrał dla tego klubu wszystkie ligowe spotkania.
W 1992 roku Alain przeszedł do stołecznego Paris Saint-Germain, do którego sprowadził go portugalski szkoleniowiec Artur Jorge. W nowej drużynie Roche tworzył środek obrony z Brazylijczykiem Ricardo Gomesem. Już w 1993 roku zdobył z PSG Puchar Francji, a w 1994 roku wywalczył dla tego klubu pierwszy od 8 lat i drugi w historii tytuł mistrza Francji. W 1995 roku zdobył dwa trofea - Puchar Francji oraz Puchar Ligi Francuskiej, a w 1996 - Puchar Zdobywców Pucharów (wystąpił w wygranym 1:0 finale z Rapidem Wiedeń). W 1998 roku po raz kolejny wygrał krajowy puchar, a latem odszedł z zespołu, dla którego rozegrał 193 ligowe spotkania i strzelił 10 goli.
W 1998 roku Roche podpisał kontrakt z hiszpańską Valencią. W Primera Division zadebiutował 29 sierpnia w wygranym 1:0 spotkaniu z Atlético Madryt. w sezonie 1998/1999 był podstawowym zawodnikiem zespołu. Zajął z nim 4. miejsce w La Liga i wywalczył Puchar Hiszpanii. Jednak w kolejnym sezonie rozegrał tylko dwa spotkania, głównie z powodu urazów. W 2000 roku wrócił do Francji i ponownie występował w Girondins Bordeaux.