W czasie okupacji niemieckiej na Zamojszczyźnie miała miejsce masowa akcja wysiedleńcza Polaków i pacyfikacyjna Aktion Zamość prowadzona przez Niemców, dążących do stworzenia tu niemieckiego osadnictwa jako przyczółka do germanizacji Wschodu, dlatego okolice Zamościa były terenem wielu walk partyzantów AK, BCh, GL/AL (powstanie zamojskie). W latach 1943–1944, w czasie ludobójstwa dokonywanego przez nacjonalistów ukraińskich z OUN-UPA, Zamość stał się też schronieniem dla ludności polskiej uciekającej z Wołynia i Małopolski Wschodniej. Miasto zostało zdobyte przez wojska radzieckie i przez współdziałających z nimi żołnierzy Armii KrajowejTadeusz Żenczykowski, Polska lubelska 1944, Warszawa 1990, s. 31. w lipcu 1944 r.
W 1946 r. został odznaczony Orderem Krzyża Grunwaldu III klasy19 sierpnia 1946 r. „za pomoc udzielaną oddziałom partyzanckim w czasie okupacji” ..
Po wojnie nastąpił dynamiczny rozwój miasta, w latach 1975–1998 Zamość był stolicą województwa zamojskiego, a od 1999 r. ponownie stał się miastem powiatowym w województwie lubelskim.