3 maja 1922 roku został zweryfikowany w stopniu pułkownika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 roku i 63. lokatą w korpusie oficerów sanitarnych, grupa lekarzy, a jego oddziałem macierzystym była Kompania Zapasowa Sanitarna Nr 1. W 1923 roku był komendantem Szpitala Okręgowego Nr VIII w Toruniu, pozostając oficerem nadetatowym 8 Batalionu Sanitarnego w Toruniu. Od 1924 naczelny lekarz Oficerskiej Szkoły Inżynierii w Warszawie. 8 lutego 1926 roku Prezydent RP Stanisław Wojciechowski nadał mu z dniem 30 kwietnia 1926 roku stopień generała brygady, wyłącznie z prawem do tytułu, a Minister Spraw Wojskowych generał broni Lucjan Żeligowski przeniósł go w stan spoczynku z dniem 30 kwietnia 1926 roku.
Praktykował w Wilnie i w Warszawie.
Podczas okupacji hitlerowskiej działał razem z żoną w komórce „Iko” Komendy Głównej Armii Krajowej w Warszawie. Aresztowani w kwietniu 1942 przez Niemców, osadzeni na Pawiaku. Zamordowany 5 maja 1942 roku po torturach. Żona Anna Białokurowa popełniła samobójstwo. Pochowany na cmentarzu Powązkowskim, kwatera 31-5-29.
Franciszek Białokur był żonaty z Matyldą Sokołowską, z którą miał troje dzieci: Witolda (1898–1939) lekarza, Wacława (1903–1966) dyplomatę i Wandę Elizę (ur. 1904).