Dlatego we wszystkich późniejszych rozporządzeniach Rady Ministrów (z 26 sierpnia 2003, z 15 maja 2004, z 13 lutego 2007 i z 20 października 2009) droga wzdłuż zachodniej granicy posiada status drogi ekspresowej i oznaczenie S3, a rozporządzenia te doprecyzowywały jedynie jej przebieg. W wyniku tego jedyną polską autostradą relacji północ-południe pozostaje autostrada A1 Gdańsk – Gorzyczki.

Na przełomie sierpnia i września 2005 r. w lubuskich mediach regionalnych pojawiły się wątpliwości na temat realności budowy trasy S3. Wywołane one zostały ujawnieniem Studium Zagospodarowania Przestrzennego, przygotowanym przez Instytut Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania PAN na zlecenie Ministerstwa Infrastruktury. Autorzy studium proponowali rezygnację z dotychczasowej koncepcji przebiegu drogi S3, w jej miejsce wskazując pilniejszą potrzebę budowy autostrady ze Szczecina przez Gorzów Wielkopolski, Poznań i Wrocław do granicy czeskiej. Wizja ta oznaczałaby ominięcie przez nową trasę środkowej i południowej części województwa lubuskiego oraz Legnicko-Głogowskiego Okręgu Miedziowego. Wywołało to protesty władz Gorzowa, Zielonej Góry oraz mniejszych miast, a Sejmik Województwa Lubuskiego uznał koncepcję przedstawioną w studium za sprzeczną ze strategią województwa i godzącą w interes regionu.