Dalsza część budowy miała już miejsce w czasach III RP. Na początku lat 90., na fali zmian systemowych w Polsce, budowa drogi wzdłuż zachodniej granicy stała się jednym z priorytetów. 28 września 1993 rząd Hanny Suchockiej rozporządzeniem ustalił kierunkowy układ sieci autostrad i dróg ekspresowych, w którym drogę relacji „Szczecin-Zielona Góra-Legnica-Bolków-Lubawka (Praha)” określono, jako autostradę A3, a drogę relacji „(Ystad) Świnoujście-Szczecin”, jako drogę ekspresową.
Ustalenia te potwierdził 23 stycznia 1996 rząd Józefa Oleksego w drodze rozporządzenia, w którym utrzymano przebieg ww. dróg, a dodatkowo po raz pierwszy użyto pojęcia „droga ekspresowa S3" dla określenia odcinka „(Malmö)-Świnoujście-Szczecin”. Nazwa A3 w odniesieniu do odcinka na południe od Szczecina pozostała bez zmian.