Jako działacz FPÖ był uważany za bliskiego współpracownika Jörga Haidera. Na początku 2005 sprzeciwił się jednak zajmowaniu funkcji przewodniczącego ugrupowania przez jego siostrę Ursulę Haubner. W rezultacie konfliktu Jörg Haider wystąpił z FPÖ, po czym w kwietniu 2005 założył własną partię BZÖ. 23 kwietnia 2005 Heinz-Christian Strache został wybrany na nowego przewodniczącego Wolnościowej Partii Austrii. W kolejnych latach uzyskiwał reelekcję na tę funkcję, stał się jednocześnie kandydatem partii na kanclerza lub wicekanclerza w wypadku wejścia FPÖ do rządu.
W latach 2006, 2008, 2013 i 2017 był wybierany w skład Rady Narodowej XXIII, XXIV, XXV i XXVI kadencji. W austriackim parlamencie objął funkcję przewodniczącego frakcji poselskiej FPÖ.
Po wyborach z 2017 jego ugrupowanie podjęło rozmowy koalicyjne ze zwycięską Austriacką Partią Ludową (ÖVP). W połowie grudnia ogłoszono zawarcie porozumienia i przedstawiono skład przyszłego gabinetu, w ramach którego liderowi wolnościowców przypadła funkcja wicekanclerza oraz ministra służby cywilnej i sportu. Urzędowanie na stanowisku wicekanclerza rozpoczął 18 grudnia 2017, gdy rząd Sebastiana Kurza został zaprzysiężony przez prezydenta Alexandra Van der Bellena.