17 listopada tego roku arcybiskup ryski i mitawski Arseniusz poświęcił główny ołtarz gotowej świątyni, a następnie pierwszy raz odprawił w świątyni Świętą Liturgię. Na uroczystości obecny był gubernator estoński Jewstafij Skałonmetropolita Korneliusz i inni, Prawosławnyje..., s. 87.. W roku następnym osobno konsekrowane zostały ołtarze boczne Ikony Matki Bożej „Wszystkich Strapionych Radość” i Wszystkich Świętych. W 1901 r. do parafii erygowanej przy cerkwi należeli przede wszystkim pracownicy fabryczni (74% wszystkich wiernych).
Cerkiew działała jako świątynia parafialna nieprzerwanie od momentu poświęcenia. W latach II wojny światowej nabożeństwa odbywały się jednak głównie w dolnej cerkwi w podziemiach. W czasie działań wojennych została poważnie uszkodzona: zniszczeniu uległ dach, szyby okienne oraz ściana północna, w którą uderzył pocisk. Zrujnowane zostały również portale północno-zachodni i północno-wschodni oraz wszystkie pomieszczenia ołtarzowe. Cerkiew była jedną z nielicznych budowli, które przetrwały w Narwie radzieckie bombardowania podczas walk o miasto w 1944 r. Jako że podczas walk zniszczona została najważniejsza dotąd prawosławna świątynia w mieście, sobór Przemienienia Pańskiego, 20 stycznia 1958 r.