Po wyleczeniu rany, powrócił do moszawu Nahalal, gdzie nadal działał dla Hagany. W 1945 przeprowadził się do Tel Awiwu, i w grudniu 1946 wyjechał jako delegat na XXII Kongresie Syjonistycznym w Bazylei. W lutym 1947 Ja’akow Dori powołał go do sztabu jako doradcę od spraw arabskich. Podczas wojny domowej w Mandacie Palestyny w kwietniu 1948 uczestniczył w tajnych rozmowach z druzyjskimi oficerami Arabskiej Armii Wyzwoleńczej, dzięki czemu udało się zapoczątkować współpracę żydowsko-druzyjską. Rozmowy te były wyjątkowo trudne dla Dajana, ponieważ zaledwie kilka dni wcześniej w potyczce z Druzami zginął jego młodszy brat Sorik. Pomimo to doprowadził on negocjacje do końca.
Gdy tylko rozpoczęła się I wojna izraelsko-arabska, Dajan w stopniu majora (raw seren) został wysłany do rodzinnego kibucu Deganja Alef. Wziął udział w bitwach o dolinę Kinnarot powstrzymując natarcie wojsk syryjskich. Pod koniec maja 1948 objął dowództwo 89 Batalionu Zmechanizowanego w 8 Dywizji Pancernej dowodzonej przez Jicchaka Sadego. W lipcu uczestniczył w operacji Danny. Podczas jej trwania poprowadził w dniu 11 lipca śmiały rajd kompanii jeepów zajmując arabskie miasto Lod. Następnie Dajan wziął udział w operacji Mawet la-polesz na froncie południowym.