Po 1941 roku do protektoratu albańskiego przyłączone zostało Kosowo. Premierem rządu kolaboracyjnego Albanii został Mustafa Merlika.
Lata 1943–1944 to okupacja niemiecka, działała wtedy silna partyzantka zdominowana przez komunistów. 16 października 1942 roku powołano Front Wyzwolenia Narodowego, skupiający siły antyfaszystowskie niezależnie od ideologii lub klasy. Skrzydłem militarnym Frontu Wyzwolenia Narodowego stała się Armia Narodowo-Wyzwoleńcza, będąca najsilniejszą siłą polityczną i wojskową kraju. Partyzanci w połowie 1944 roku kontrolowali 75% terytorium kraju. Dowódcą armii został przedwojenny oficer Spiro Moisiu, a niekwestionowanym przywódcą ruchu oporu – Enver Hoxha. Armia Wyzwolenia Narodowego dysponowała własnymi batalionami i brygadami oraz otrzymywała wsparcie od brytyjskiego wywiadu Secret Intelligence ServiceBernd J Fischer. “Resistance in Albania during the Second World War: Partisans, Nationalists and the S.O.E.”, East European Quarterly 25 (1991)..