Jego niewątpliwe sukcesy wojskowe w czasie operacji Husky przyćmiło kilka kontrowersyjnych wypadków. Zdaniem jego przeciwników, pierwsze z incydentów wydarzyły się pod wpływem „ognistych” przemówień Pattona, bez jego udziału: 13–14 lipca 1943 r. – tzw. Masakra w Biscari w Acate, w której grupa amerykańskich żołnierzy zabiła ok. 70 włoskich i niemieckich jeńców; żołnierze tłumaczyli potem, że zostali do tego zainspirowani przez agresywne przemówienia Pattona; ok. 15 lipca na lotnisku Comiso nieokreślona liczba niemieckich jeńców została zabita przez żołnierzy z oddziałów Pattona (po tym wydarzeniu Patton wydał rozkaz zabraniający zabijania jeńców); 12 lipca w miasteczku Canicatti doszło do ostrzelania szabrowników przez żołnierzy.
Z politycznego punktu widzenia znacznie poważniejszym zdarzeniem był tzw. incydent ze spoliczkowaniem. 3 sierpnia Patton w czasie wizytacji szpitala spoliczkował i zwyzwał żołnierza, który przebywał tam bez żadnych oczywistych ran fizycznych, cierpiąc na silną nerwicę okopową. Podobny przypadek zdarzył się ponownie 10 sierpnia w innym szpitalu. Po ujawnieniu sprawy w mediach, Eisenhower odebrał Pattonowi dowództwo 7 Armii.