Borussia Dortmund 4 lipca 2013 podpisał kontrakt z Borussią Dortmund. Do niemieckiego klubu przeszedł z francuskiego AS Saint-Étienne za sumę 15 mln euro. W lipcu 2013 wraz z drużyną sięgnął po Superpuchar Niemiec. 10 sierpnia rozegrał swój pierwszy mecz w Bundeslidze, w którym Borussia na wyjeździe pokonała FC Augsburg 4:0, Aubameyang zdobył w meczu trzy gole zaliczając hat-trick i dodatkowo został wybrany zawodnikiem meczu. Jest szóstym piłkarzem w historii Bundesligi, który zdobył hat-tricka w debiucie.
Arsenal 31 stycznia 2018 podpisał kontrakt z Arsenalem. 3 lutego 2018 strzelił bramkę w debiucie w wygranym 5:1 meczu z Evertonem. 1 lutego 2022, Arsenal rozwiązał kontrakt z Aubameyangiem za porozumieniem stron.
FC Barcelona 2 lutego 2022 podpisał 3-letni kontrakt z FC Barceloną. W katalońskim klubie zadebiutował 6 lutego w wygranym 4:2 meczu z Atlético Madryt. Pierwsze trafienia zaliczył 20 lutego, strzelając łącznie trzy gole w meczu przeciwko Valencii (4:1).
Chelsea 2 września 2022 ogłoszono przejście Aubameyanga do Chelsea, z którą podpisał dwuletni kontrakt. Zadebiutował 6 września w meczu Ligi Mistrzów UEFA z Dinamem Zagrzeb (0:1).