Mały strumień o nazwie Cabayugan, płynąc przez wapienne góry Saint Paul Mountain, znika nagle pod powierzchnią ziemi. W tym miejscu rzeka jest położona tylko 30 m n.p.m., a odległość od morza w linii prostej wynosi 6 km. Cabayugan przepływa 8,2 km pod powierzchnią ziemi, po czym uchodzi bezpośrednio do Morza Południowochińskiego w zatoce Saint Paul. Strumień wody jest raczej powolny. Podziemna rzeka przepływa zaledwie kilkaset metrów na zachód od szczytu Mount Saint Paul. Rzeka ma głębokość do 8 m i jest dostępna dla łodzi na odcinku 4,2 km, licząc od jej ujścia od morza. Jest najdłuższą żeglowną podziemną rzeką na świecie. W jaskini występują stalaktyty, stalagmity oraz inne formy naciekowe.
W dolnym biegu podziemnej rzeki jej woda ulega zasoleniu w wyniku pływów morskich. Wysokość pływów w tym regionie wynosi około 1 m. Oddziałują one na rzekę na odcinku 6 km, licząc od jej ujścia do morza. W wyniku pływów wytworzyło się ujście, które jest największym podziemnym ujściem rzeki na świecie.
Oprócz głównego strumienia rzeki Cabyuagan istnieje jeszcze kilka odnóg, które powstały we wcześniejszym okresie. Podczas ulewnych deszczów mogą się tworzyć mniejsze strumienie, które są dopływami Cabayugan.