Występują tutaj także gatunki ssaków, w tym między innymi: binturong z rodziny łaszowatych, Hystrix pumila z rodziny jeżozwierzy, Mydaus marchei z rodziny skunksowatych, Tupaia palawanensis, makak jawajski czy ssak morski diugoń.
Gromada gadów reprezentuje tutaj m.in.: żółw zielony, krokodyl filipiński czy waran paskowany oraz gatunek płaza bezogonowego z rodziny kumakowatych – Barbourula busuangensis.
Zagrożenia Według UNESCO zagrożeniami dla parku są niekorzystne działania w sąsiedztwie zlewni, wylesianie oraz działalność rolnicza. Działalność turystyczna wymaga starannego planowania i zarządzania, tak aby naturalna wartość nie ulega zmianie.
Turystyka Podziemna rzeka jest promowana w branży turystycznej przez władze prowincji Palawan oraz rząd Filipin.
Ruch turystyczny nasilony jest przede wszystkim od stycznia do maja. Wówczas to morze jest bardziej spokojne, a pogoda bardziej słoneczna. Łodzie turystyczne mogą wpływać maksymalnie 1,2 km w głąb jaskini.