Zmarł niespodziewanie na skutek komplikacji po zapaleniu płuc w swoim majątku w Prokocimiu 7 lutego 1909 i został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, w grobowcu rodzinnym, którego autorem jest rzeźbiarz Wacław SzymanowskiJ. Żmudziński, O podkrakowskiej rezydencji Jerzmanowskiego i jego stosunku do sztuki, w: Erazm Józef Jerzmanowski (1844-1909). Życie mi dzieło, red. T. Skrzyński, Kraków 2012, s. 89-92..
Fundacja Jerzmanowskiego
Na mocy testamentu ustanowił Fundację Nagród im. śp. Erazma i Anny małżonków Jerzmanowskich, na której realizację przeznaczył kwotę 1 200 000 Koron. Zgodnie z zapisem nagrodę im. Jerzmanowskich przyznawać miała co roku Akademia Umiejętności w Krakowie za działalność naukową, kulturalną lub humanitarną. Fundację Jerzmanowskiego Stanisław Tarnowski, ze względu na jej skalę i podobieństwo, porównał do nagrody ustanowionej przez Alfreda Nobla, stąd jej powszechna nazwa „polski Nobel”B. Wilk, Z dziejów fundacji Jerzmanowskich, w: Erazm..., s. 51-64.A. Biernacki, Erazm Jerzmanowski i jego fundacja, "Blok-Notes Literacki im. A. Mickiewicza" 1991, nr 10, s. 329-380.Przemówienie Stanisława Tarnowskiego podczas posiedzenia publicznego Akademii Umiejętności dnia 22 maja 1909 roku, „Rocznik Akademii Umiejętności” 1908/1909, s. 66.. Nagroda przyznawana była w latach 1915-1938.