Przejście do zatoki z zalewu przegradza Łysa Wyspa. Dla żeglugi jest dostępny przesmyk między jej zachodnim brzegiem a niemiecką miejscowością Altwarp. Po zachodniej stronie przejścia zalega mielizna Wyskok Warpieński z głębokościami 1–2 m. Dobrym punktem orientacyjnym jest wieża kościoła w Nowym Warpnie.
Tor kierunkowy o łamanych odcinkach oznakowują pławy świetlne i nieświecące. Na zimę są zdjęte bez zastępstwa. Między pławą świetlną "14" a dalbą graniczną "7" tor prawie pokrywa się z przebiegiem granicy państwowej. Między pławą świetlną "9" a dalbą graniczną "7" jest oznakowany obustronnie pławami nieświecącymi i dostępny dla jednostek o zanurzeniu do 2,5 m (Wg pomiaru Urzędu Morskiego w 2018 od Bramy Torowej nr 2 do pławy "TW-4" - 5,2 m(sondaż ważny do 23.04.2019); od pławy "TW-4" do pławy granicznej nr 9 - 2,8 m ; od pławy granicznej nr 9 do dalby granicznej nr 7-2,2m; od dalby granicznej nr 7 do portu w Nowym Warpnie - 1,8m (sondaże ważne do 27.04.2019)). Przesmyk między Łysą Wyspą a miejscowością Altwarp ma zaledwie 100 m szerokości.
Poza torem wodnym do portu występują spłycenia i mielizny, które limitują zanurzenie statków, ponadto wystawiane są też sieci rybackie.