10 października 1942 został aresztowany w czasie kolportażu tajnej prasy i osadzony w więzieniu w Nowym Sączu, następnie Tarnowie i Krakowie. 23 stycznia 1943 transportem z Krakowa został przywieziony do obozu koncentracyjnego w Auschwitz i osadzony tam jako więzień polityczny, otrzymując znak P i numer więźnia 93190. Między 14 lutego a 13 czerwca 1943 został przeniesiony do obozu koncentracyjnego we Flossenbürgu.
19 kwietnia 1945 pod pretekstem wybuchu epidemii tyfusu rozpoczęto ewakuację KL Flossenbürg do odległego o ok. 300 km Dachau. Marsz śmierci trwał 3 dni i noce. Wielu więźniów padło w drodze z wycieńczenia. Czwartej nocy około godziny 5 rano służby wartownicze uciekły pozostawiając więźniów. Wkrótce później pozostali przy życiu więźniowie zostali wyzwoleni przez amerykańskie oddziały pancerne.
1945–1947 Stefan Knapik powrócił po wojnie do Mikołowa. Do życia politycznego nie włączył się. Nie akceptował nowych komunistycznych rządów. Odrzucił propozycję wstąpienia do PPR (Polskiej Partii Robotniczej), czym naraził się ówczesnym władzom.