W latach 1975–1979 był proboszczem parafii Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Gdańsku, a następnie w latach 1979–2014 proboszczem kościoła Mariackiego w Gdańsku, gdzie w czasach PRL był oparciem dla prześladowanych ludzi „Solidarności”. Przygotowywał ucieczkę Andrzeja Michałowskiego i Antoniego Grabarczyka z Sądu Marynarki Wojennej, pomagał w ukrywaniu się w czasie stanu wojennego Jerzemu Romanowi, Krzysztofowi Dowgialle i Bogdanowi Borusewiczowi, organizował pomoc dla rodzin uwięzionych i internowanych. W czasie strajków odprawiał msze w Gdańskiej Stoczni Remontowej. Jako proboszcz bazyliki Mariackiej ubiegał się o zwrot rozproszonych po wojnie dzieł sztuki w celu przywrócenia świątyni historycznego wystrojuKs. infułat Stanisław Bogdanowicz. trojmiasto.wyborcza.pl [dostęp 2018-11-02]. Ukoronowaniem dotychczasowego wysiłku i zasług ks. prałata Stanisława Bogdanowicza było przyznanie mu w 1996 tytułu infułata. W 2008 został przez metropolitę gdańskiego arcybiskupa Sławoja Leszka Głódzia mianowany wikariuszem generalnym archidiecezji gdańskiej i członkiem Komisji ds. Sztuki i Budownictwa Sakralnego Archidiecezji Gdańskiej.