– japoński fizyk teoretyk, noblista.

Życiorys Był synem lekarza kierującego publicznym ośrodkiem zdrowia w Nagoi, jego ojciec zmarł w 1946 roku. Ich dom rodzinny został ziszczony podczas nalotów na Nagoyę w czasie II wojny światowej, więc schronili się w domu rodziców matki Makoto Kobayashi, Ai Kaifu. W tym samym domu mieszkał też jej starszy brat z rodziną, w tym synem Toshiki Kaifu (późniejszym premierem Japonii). Kuzynem Makoto Kobayashi jest także astronom Norio Kaifu.

Podczas nauki w szkole średniej uprawiał grę w tenisa ziemnego. Fizyką zainteresował się po przeczytaniu książki Ewolucja fizyki Leopolda Infelda i Alberta Einsteina.

Studiował fizykę na Nagoya University, gdzie jednym z wykładowców był Shoichi Sakata. Makoto Kobayashi rozpoczął pracę w jego grupie badawczej zajmującej się fizyką cząstek elementarnych. Współpracował też z Yoshio Ohnuki oraz Toshihide Masukawą. Stopień doktora uzyskał w 1972 na Nagoya University, już po śmierci Sakaty (w 1970 roku).